Los metabolitos secundarios que predominan en el género Croton son los diterpenos de tipo clerodano, a los cuales se les han atribuido diversas actividades biológicas, entre ellas citotóxica, antiangiogénica y antibacteriana. Croton morifolius es un arbusto empleado en la medicina tradicional para el tratamiento de afecciones como gastritis y amigdalitis y padecimientos que pueden asociarse con diversos procesos infecciosos. En este trabajo se estudió las subfracciones enriquecidas y los clerodanos puros presentes en la raíz de C. morifolius, con el objetivo de identificar compuestos de interés químico y evaluar su potencial antibacteriano in silico e in vitro. El análisis fitoquímico, realizado mediante técnicas cromatográficas (CCF y CC) y espectroscópicas (RMN de 1H y 13C), permitió la identificación de diterpenos del tipo seco furano-clerodano reportados en esta especie, así como el triterpeno ácido acetil aleuritólico por primera vez en C. morifolius. Adicionalmente, se evaluaron las propiedades fisicoquímicas, toxicológicas, el perfil ADME y el espectro de actividad biológica de los compuestos. En las predicciones in silico, los compuestos 29, 31 y 32 mostraron propiedades fisicoquímicas compatibles con un perfil farmacocinético favorable para administración oral, mientras que el compuesto 30 mostró alta lipofilia e insolubilidad para esta vía. En el perfil ADME, los cuatro compuestos presentaron características compatibles con la viabilidad farmacocinética, 29 mostró riesgo de hepatotoxicidad. Los estudios de acoplamiento molecular (Docking) predijeron que el compuesto 32 presenta la pose de unión más eficiente en el sitio activo de DNA girasa y FimH, además, este compuesto, al igual que el compuesto 30 exhibieron valores de energía libre de unión (DG) prometedores frente a TagU. Finalmente, en los ensayos in vitro, la actividad inhibitoria dependió del método empleado: en difusión en agar por disco y pozo no se observó inhibición por parte de los compuestos puros (29-32) frente a Escherichia coli y Staphylococcus aureus, en contraste, en difusión en agar por gota todas las subfracciones, en sus diferentes concentraciones, mostraron actividad inhibitoria frente a Escherichia coli, Staphylococcus aureus y Bacillus subtilis, por su parte, por macrodilución no se observó actividad. En general, las fracciones gruesas del extracto presentaron moderada actividad antibacteriana frente a E. coli, S. aureus y B. subtilis; los compuestos 30 y 32 presentan potencial estructural y son candidatos a optimización química.