Debido a la gran diversidad herpetofaunística de México, las Áreas Naturales Protegidas (ANPs) son de alta importancia en el contexto de la conservación. En el estado de Hidalgo se han establecido cinco ANPs federales: Cuenca Hidrográfica del Río Necaxa (CHRN), Parque Nacional El Chico (PNC), Parque Nacional Los Mármoles (PNM), Parque Nacional Tula (PNT), y La Reserva de la Biósfera de la Barranca de Metztitlán (RBBM), que reúnen a más de la mitad de especies de la herpetofauna del estado. En este estudio se determinó la diversidad beta de las cinco áreas, en el que se utilizaron registros de bases de datos, listas de especies y fuentes publicadas. La diversidad beta se calculó con el índice de disimilitud de Jaccard y se generaron, tanto para anfibios como para reptiles, un dendrograma; en el caso de la partición de la diversidad beta, se obtuvo una matriz que muestra el nivel de recambio, anidamiento y beta total. Se identificaron 118 especies, repartidas en 34 de anfibios y 84 de reptiles de las cuales Sceloporus grammicus y Dryophytes plicatus estuvieron presentes en las cinco ANPs al contrario de 63 especies cuya distribución se limitó a una sola ANP. Los resultados evidenciaron que las ANPs presentan altos valores de disimilitud cuando se las compara entre sí, siendo la única excepción la asociación PNM-RBBM que obtuvo el valor más bajo de diversidad beta. Se pudo mostrar la existencia de un patrón de recambio entre las cinco ANPs y, aunque se presenta en menor medida, el componente de anidamiento muestra valores altos en asociaciones de comunidades de reptiles en RBBM-PNC y comunidades de anfibios en RBBM-PNT. La riqueza de especies de anfibios y reptiles y el elevado grado de disimilitud de especies entre comunidades, es un reflejo de la alta heterogeneidad ambiental y diversidad de tipos de vegetación de Hidalgo y de características específicas en cada ANP como la disponibilidad de microhábitats. Por último, la diversidad taxonómica fue obtenida con las medidas de promedio de diversidad taxonómica (Delta+) y de la variación de la diversidad taxonómica (Lambda+). Los valores más altos de diversidad taxonómica no siempre correspondieron a las ANPs con mayor riqueza de especies, siendo el caso del ensamble de reptiles de CHRN. La diversidad de géneros y familias puede estar relacionada con las interacciones ecológicas, historia evolutiva, impacto de actividades humanas y la capacidad innata de los ambientes para representar diferentes taxones.