En el presente trabajo se realizó un estudio computacional a 101 moléculas bioactivas presentes en plantas medicinales empleadas en México, se realizó la predicción in silico de sus propiedades fisicoquímicas y farmacocinéticas, además se estudió su reactividad química de las moléculas mediante parámetros globales y locales, calculando la Función Fukui mediante la teoría de los funcionales de la densidad, posteriormente se analizó su interacción con la proteasa Mpro del SARS-CoV-2. Los resultados sugieren que las moléculas ácido hibiscus y ácido (2S,3S)-hidroxicítrico son las estructuras más adecuadas para la inhibición de la proteasa Mpro, por lo que se recomiendan como candidatos farmacológicos para continuar con estudios in vitro e in vivo para poder ser considerados en el tratamiento de la enfermedad COVID-19 causada por el virus SARS-CoV-2.