Durante los últimos años la investigación sobre péptidos bioactivos y en especial, los estudios sobre su efecto antitrombótico, se ha incrementado. Esto debido a que la trombosis es una patología con una mayor incidencia en la última década. Es por ello que el objetivo de este trabajo fue determinar la actividad antitrombótica de péptidos liberados mediante fermentación láctica, medida como el grado de inhibición sobre la trombina, enzima encargada de la conversión de fibrinógeno en fibrina. Se probaron dos cepas de bacterias lácticas distintas (Lactobacillus casei Shirota y Lactobacillus johnsonii). Se realizó el seguimiento de fermentaciones en leche en función del descenso de pH. Donde se asignó como punto final de fermentación un pH de 4.5. El perfil proteolítico se estudió por medio de las técnicas del ácido trinitrobencensulfónico (TNBS) y electroforesis en gel de poliacrilamida (Tris-Tricina-SDS-PAGE). Los resultados mostraron que la fase de adaptación de Lactobacillus casei Shirota fue mayor que la de Lactobacillus johnsonii. La proteólisis de Lactobacillus casei Shirota exhibió una mayor concentración de grupos amino libres comparada con Lactobacillus johnsonii.