En México se consume principalmente quesos frescos y elaborados de forma artesanal, en pequeñas y medianas industrias muchas de las cuales utilizan leche sin pasteurizar, a pesar que de acuerdo a la NOM-121-SSA1-1994, los quesos deben ser elaborados con leche pasteurizada. El objetivo del presente trabajo fue determinar la prevalencia de Staphylococcus aureus en diversos quesos elaborados en el Estado de Hidalgo. Del 2007 al 2008 se recolectaron un total de 159 muestras de quesos procedentes de diferentes municipios del Estado de Hidalgo (Pachuca, Tulancingo, Tula, Huichapan, Zimapán, Ixmiquilpan, Actopan, Metztitlán, Molango, Huejutla, Apan, Tizayuca, y la región Tepehua), la presencia de S. aureus se realizó de acuerdo a la NOM-115-SSA1-1994. El aislamiento de S. aureus se realizó en Laboratorio Estatal de Salud Pública en Hidalgo, 30 de estas muestras fueron características a Staphylococcus aureus a partir del medio de cultivo selectivo agar Baird Parker. Se aislaron colonias típicas de S. aureus (colonias negras, brillantes, convexas y rodeadas de un halo transparente de 2 a 5 mm de diámetro), para la identificación de las bacterias se realizaron las siguientes pruebas de pre caracterización: tinción de Gram, catalasa, actividad citocromo-oxidasa, coagulasa y termonucleasa. De cada una de estas muestras se tomaron 5 colonias, posteriormente las cepas que fueron Gram-positivas, cocos, citocromo oxidasa negativas, catalasa, coagulasa y termonucleasa positivas, únicamente 60 de 150 cepas, se caracterizaron a nivel de especie con la ayuda del sistema Vitek® semiautomatizado con una tarjeta Vitek® GPI (1305 bioMérieux® S.A., F). El 81.66% de las cepas bacterianas aisladas de Staphylococcus fueron de la especie S. aureus, 13.31% de estas cepas fueron identificadas con otro tipo de especie de Staphylococcus y 5% de las cepas no fueron identificadas a nivel género. Por último, se realizó la detección de toxinas estafilocócicas mediante técnicas inmunológicas y técnicas moleculares. Se confirmó que el gen que codifica para la enterotoxina “A” no se encuentra en las cepas de Staphylococcus aisladas. No debemos descartar la presencia de otros genes que producen otras toxinas diferentes. El S. aureus es causante de intoxicaciones alimentarias por la producción de enterotoxinas, la presencia de esta bacteria en el aislamiento índica una inadecuada manipulación del producto.