El selenio es un oligoelemento esencial para la salud humana y animal. Involucra diferentes mecanismos metabólicos que ofrecen un beneficio a la salud, en lo que las funciones biológicas son realizadas por selenoproteínas. Las especies de selenio con mayor biodisponibilidad y bioaccesibilidad son producidas por microorganismos, como las levaduras, las cuales bioconvierten el selenio inorgánico a selenio orgánico. Por lo tanto, el objetivo de este estudio fue evaluar la producción biogénica de selenoaminoácidos y nanopartículas de selenio por Saccharomyces boulardii y su potencial uso tecnológico a través de un estudio in vitro para analizar su efecto sobre la motilidad espermática. La bioacumulación de selenio por la levadura superó los 22,000 ppm, además la bioconversión fue a selenometionina, selenocisteína y nanopartículas de selenio. Además, el estudio in vitro en semen de verraco, determinó que tanto la levadura selenizada como selenito de sodio conserva la motilidad superior al 65% en un lapso de 48 horas. Finalmente, se logró la producción de una bebida fermentada a base de cebada y Saccharomyces boulardii selenizada, que permitió la transferencia de selenio a la bebida, con una concentración de 0.378 ppm. Estos resultados demuestran que la producción biogénica de selenio orgánico por parte de la levadura probiótica S. boulardii podría representar una alternativa potencial en el desarrollo de bebidas fermentadas con alto contenido de selenio, que pudieran impactar de manera positiva la salud huma.