En esta investigación se proponen cuatro nanofármacos funcionalizados (Loxorribina, UC-1v150, Doxorrubicina y Resiquimod) candidatos al reemplazo de los medicamentos anti-inflamatorios no esteroideos (AINEs) tradicionales por medio de un análisis bio-quimioinformático computacional de Acoplamientos Moleculares por Cribado Virtual (VSD) empleando dos programas: Molecular Enviroment Operating (MOE) y AutoDock. Para este estudio, se evaluaron dieciocho compuestos de AINEs selectivos y no selectivos para calibrar cada diana terapéutica de ciclooxigenasa (COX-1 y COX-2) que sirvieron como los sitios receptivos. Estas enzimas participan en la síntesis de prostaglandinas y por ende generan el proceso inflamatorio. Se estudiaron los sitios de anclaje molecular de Tyr385 y Ser530 en el bolsillo catalítico de las COXs donde se realizaron uniones intermoleculares. Para los nanofármacos de estudio, se presentan los éxitos computacionales que mejores resultados mostraron y que además podrían exhibir un comportamiento similar o mejor a los AINEs tradicionales, que actualmente impiden la síntesis de ácido araquidónico pero que su uso prolongado ocasiona efectos adversos secundarios en los individuos.