Las diversas actividades antropogénicas han mermado la calidad del agua, lo que constituye un riesgo sanitario para la humanidad y el ambiente. Por ello, se han desarrollado múltiples tratamientos de desinfección para eliminar los microorganismos de aguas residuales tratadas, incluyendo sus estructuras de resistencia. La presente investigación se dividió en tres partes: en la primera se establecieron las condiciones óptimas de pH, concentración y tiempo de contacto del hipoclorito de sodio (NaClO) para la remoción de endosporas de una cepa certificada de Bacillus subtilis; enseguida se estandarizó el proceso de germinación de endosporas y finalmente se planteó un tratamiento de desinfección consecutivo con NaClO, que contempló: una desinfección de endosporas, germinación de endosporas remanentes y una segunda desinfección de células vegetativas.