Las aflatoxinas (AFs) son metabolitos secundarios producidos principalmente por los mohos Aspergillus flavus, Aspergillus parasiticus y Aspergillus nomius que pueden crecer en diferentes productos agrícolas. El objetivo del presente trabajo fue evaluar la incidencia de mohos toxigénicos y aflatoxinas en muestras de alimento para ganado y leche provenientes de cuencas lecheras del Valle del Mezquital, Hidalgo. Para ello se realizó un análisis microbiológico a muestras de alfalfa y ensilados. La determinación de aflatoxinas totales se llevó a cabo mediante la técnica de ELISA y para determinar una posible relación entre el crecimiento fúngico con la composición de las muestras, se realizó un análisis proximal.