Stenotrophomonas maltophilia es un patógeno oportunista capaz de sobrevivir intracelularmente en la ameba Acanthamoeba castellanii, donde se enfrenta a un microambiente fagosomal dinámico caracterizado por múltiples condiciones adversas, entre ellas el estrés oxidativo. La capacidad de contrarrestar este estrés mediante sistemas antioxidantes especializados podría ser determinante para la persistencia intracelular. En este contexto, el objetivo de este trabajo fue realizar el análisis funcional de las superóxido dismutasas (SODs) y la catalasa KatN de la cepa S. maltophilia Sm18 para determinar su rol en la tolerancia al estrés oxidativo intracelular. Para ello, se construyeron fusiones transcripcionales en el vector pSEVA337-mScarlet3 de los loci sodA2, sodB, sodC1, sodC2 y katN, y mutantes por integración de vector (VIM) de sodC2 y katN. Los análisis de expresión en cultivo axénico mostraron patrones diferenciales de regulación frente a distintos estresores oxidativos y condiciones de pH, destacando la elevada actividad basal de sodA2 y la respuesta del locus sodC1C2 que codifica para proteínas periplasmáticas. Posteriormente, los ensayos de co-cultivo con A. castellanii Neff revelaron que el ambiente intracelular activa de manera diferencial los sistemas antioxidantes de la bacteria. En particular, sodA2 presentó una actividad transcripcional robusta y sostenida durante la interacción, mientras que sodB mantuvo niveles de expresión bajos. Por otra parte, el análisis de las mutantes indicó que la contribución fisiológica de estas enzimas no depende exclusivamente de su regulación transcripcional. La inactivación de katN afectó tempranamente el crecimiento bacteriano durante la interacción con la ameba, mientras que la interrupción de sodC2 comprometió la adaptación en etapas posteriores. En conjunto, nuestros resultados demuestran que la maquinaria antioxidante de S. maltophilia Sm18 participa de manera coordinada y diferencial en la respuesta al estrés oxidativo intracelular. Este sistema constituye un mecanismo adaptativo clave para la supervivencia y persistencia bacteriana dentro de compartimientos fagosomales.