La contaminación de alimentos por micotoxinas, particularmente la patulina producida por Penicillium expansum (Link 1809), representa un problema relevante en la seguridad alimentaria debido a sus efectos tóxicos y su persistencia en productos derivados de frutas. En relación con esto, la inhibición de la enzima patulina sintasa (PatE), involucrada en etapas finales de su biosíntesis, constituye una estrategia potencial para reducir la producción de esta micotoxina (Index fungorum, 2026). El objetivo del presente estudio fue evaluar la afinidad de unión y las interacciones moleculares de compuestos potenciales con la patulina sintasa de Penicillium expansum, mediante herramientas de modelado molecular, docking computacional y cribado virtual, con el fin de identificar candidatos con posible actividad inhibidora. La metodología se desarrolló en tres etapas: una fase exploratoria inicial con un conjunto reducido de compuestos de referencia, una fase de optimización de criterios estructurales y un cribado virtual de más de 1000 moléculas seleccionadas bajo parámetros fisicoquímicos y de complementariedad estructural. Las simulaciones de docking se realizaron utilizando el programa abierto AutoDock Vina, evaluando la afinidad de unión, la orientación del ligando y las interacciones con residuos clave del sitio activo. En la fase inicial, los compuestos evaluados presentaron afinidades débiles (–3 a –4 kcal/mol), lo que evidenció una limitada complementariedad estructural. Sin embargo, el cribado virtual permitió identificar compuestos con afinidades moderadas (hasta –7.084 kcal/mol), destacando principalmente compuestos aromáticos con un grupo fenol. El análisis de interacciones reveló la presencia de puentes de hidrógeno, interacciones π-π y contactos hidrofóbicos con residuos catalíticos, lo que contribuye a la estabilización del complejo proteína-ligando. En conjunto, los resultados indican que ciertos compuestos presentan afinidad moderada hacia la patulina sintasa y pueden ser considerados candidatos preliminares para el diseño de inhibidores. No obstante, debido a la naturaleza teórica del estudio, se requiere validación mediante estudios experimentales y análisis complementarios para confirmar su actividad biológica. Este trabajo demuestra la utilidad del docking molecular y el cribado virtual como herramientas para la identificación inicial de compuestos bioactivos, aportando bases para el diseño racional de estrategias orientadas a la reducción de la biosíntesis de patulina.