El tomate criollo constituye un recurso genético de gran valor en México, variedades como ojo de venado y riñón, son variedades muy consumidas en el estado de Hidalgo, con importancia económica para familias mexicanas, esas variedades destacan por su rusticidad, sabor y concentración de compuestos bioactivos. Sin embargo, presentan limitaciones en rendimiento frente a híbridos comerciales, lo que ha motivado la búsqueda de alternativas que fortalezcan su productividad y calidad. La nanotecnología aplicada a la agricultura ofrece nuevas posibilidades, particularmente mediante el uso de nanopartículas de hierro funcionalizadas con extracto de Allium sativum, las cuales pueden mejorar la absorción de nutrientes, estimular la fotosíntesis y favorecer la acumulación de metabolitos secundarios. El presente trabajo tuvo como objetivo evaluar el efecto de nanopartículas de hierro funcionalizadas con extracto de ajo en el crecimiento, parámetros fisiológicos y acumulación de compuestos fenólicos en tomates criollos. Se estableció un experimento donde se evaluaron las siguientes variables de crecimiento vegetativo, biomasa aérea y radicular, pigmentos fotosintéticos (clorofila a, b y carotenoides), así como fenoles totales y flavonoides en frutos. Los resultados mostraron que la aplicación de nanopartículas funcionalizadas incremento significativamente la altura de planta, el diámetro de tallo y el numero de hojas, además de mejorar la biomasa aérea y radical. Asimismo, se observo un aumento en la concentración de pigmentos fotosintéticos y en el contenido de compuestos fenólicos y flavonoides, reforzando el potencial nutraceútico de los frutos. Sin embargo, los efectos fueron varietalmente diferenciados, ya que el ojo de venado mostro mayor acumulación de pigmentos y flavonoides, mientras que el riñón presento incrementos mas marcados en biomasa y fenoles totales. Estos hallazgos confirman que la nanotecnología, aplicada de manera sustentable, puede ser una herramienta eficaz para fortalecer la productividad y calidad de variedades criollas, contribuyendo a su conservación y valorización en sistemas agrícolas tradicionales.