El farmacéutico clínico posee una formación especializada por lo que ocupa un lugar estratégico dentro del sistema de salud, su participación va mas allá de la simple dispensación: integra conocimientos farmacológicos, clínicos y terapéuticos que optimizan los resultados en salud del paciente, especialmente en la distribución segura y eficaz de los medicamentos. En este sentido el objetivo de este trabajo es diseñar un Procedimiento Normalizado de Operación (PNO) para un sistema de distribución automatizado en farmacias hospitalarias. Para ello se empleó un diagnostico situacional comparando los sistemas actuales en sectores públicos y privados, se realizó un análisis evaluando las Fortalezas, Debilidades, Amenazas y Oportunidades (FODA), proponiendo una estrategia cruzada en la matriz (FO-FA y DO-DA), mediante el análisis cruzado se diseño un PNO para un Sistema de Distribución de Medicamento Automatizado, desarrollando los formatos respectivos para una mejor gestión, optimizando tiempos y reducción de errores de medicación. Los diferentes Sistemas de Distribución de Medicamentos (SDM) a nivel internacional, demuestran una reducción significativa en los tiempos de operación y una disminución de errores de medicación, en el FODA se demostraron los puntos a reforzar dentro de la farmacia hospitalaria con respecto a los SDM, los cuales se tomaron como referencia para encontrar un SDM estratégico en su operación. El diseño de un PNO para un SDM automatizado permite mejorar la gestión hospitalaria y que el farmacéutico tenga un mejor control de las actividades a desarrollar, los lineamientos fueron estructurados conforme a los estándares del consejo de salubridad general, la propuesta de PNO muestra una mejora en la trazabilidad de las operaciones de gestión, pero también garantiza la seguridad del paciente al recibir una terapia segura, efectiva y oportuna.