Las especies del género Magnolia representan un grupo de gran relevancia evolutiva dentro de las angiospermas, caracterizado por su antigüedad, distribución restringida y alta vulnerabilidad ante los disturbios ambientales. En México, varias especies endémicas del complejo Magnolia dealbata enfrentan riesgos asociados a la fragmentación de su hábitat y a la pérdida de conectividad entre sus poblaciones, lo cual, en conjunto con su intrincada historia evolutiva, complican asegurar si son o no especies diferentes. En este contexto, la presente tesis tuvo como objetivo analizar la diversidad genética, la estructura ecológica, la distribución espacial y el estado taxonómico de Magnolia rzedowskiana y Magnolia zotictla, dos especies endémicas del bosque mesófilo de montaña de la Sierra Madre Oriental. El estudio integró diferentes enfoques, incluyendo análisis genéticos mediante microsatélites y marcadores moleculares de cloroplasto; evaluación de la estructura poblacional y los patrones de distribución espacial; la fenología y variables ambientales que pudieran estar relacionadas con estos atributos. Para definir la estructura poblacional, se realizó un censo, clasificando a los individuos en distintos estadios de desarrollo, se estimó un índice de regeneración y se determinaron los patrones de distribución espacial, mediante funciones estadísticas. Los cambios en la fenología vegetativa y reproductiva de las poblaciones incluyo un periodo amplio de más de cuatro años de seguimiento. Los resultados muestran que, en las poblaciones de ambas especies, predominan individuos adultos, y que la proporción de plántulas y juveniles es baja, lo que sugiere limitaciones en la regeneración natural (poblaciones en declive). Asimismo, el tipo de distribución espacial más común fue la “agregada”, en particular en etapas tempranas; asociada con la presencia de microhábitats específicos, cada vez más restringidos por la fragmentación. A nivel genético, se estimaron valores de diferenciación altos entre poblaciones. La evidencia fenológica sugiere que las poblaciones de ambas especies se encuentran aisladas reproductivamente, dado que hay un desfase evidente en el periodo de floración y fructificación. En conjunto, la integración de evidencias genéticas, ecológicas, variación morfológica, anatómica, fenología y distribución espacial, permitió proponer que ambas especies pueden ser consideradas como unidades evolutivas independientes. El criterio de delimitación taxonómica utilizado considera que la especiación es un proceso continuo, lo cual resalta la necesidad de restaurar la conectividad del hábitat y promover acciones de manejo que aseguren la viabilidad a largo plazo de las poblaciones analizadas. El bosque mesófilo de montaña es considerado un tipo de vegetación prioritario para la conservación en México, por lo que la existencia de las poblaciones de Magnolia rzedowskiana y M. zotictla depende de la continuidad de este ecosistema.