El bienestar animal en la producción pecuaria se ha convertido en un tema prioritario a nivel mundial, al vincularse con aspectos éticos, productivos, de salud pública y de sustentabilidad. El objetivo de esta revisión bibliográfica fue analizar los principales desafíos actuales que enfrenta el bienestar animal en sistemas pecuarios, mediante la recopilación, organización y análisis crítico de literatura científica y documentos técnicos publicados entre 2015 y 2025. La búsqueda de información se realizó en bases de datos académicas internacionales (Scopus, Web of Science, PubMed, SciELO, Redalyc y Google Scholar), así como en portales oficiales de organismos como la OMSA, FAO y EFSA. Se incluyeron artículos originales, revisiones, informes y protocolos normativos relacionados con el bienestar de bovinos, porcinos, aves, ovinos y caprinos. Los resultados muestran que los principales desafíos identificados corresponden al manejo de prácticas dolorosas sin analgesia, las deficiencias en transporte y sacrificio, las limitaciones en alojamiento y ambiente, el impacto del cambio climático, la resistencia antimicrobiana y la brecha entre normativas internacionales y su implementación en contextos locales. Se evidencian vacíos de investigación en ovinos, caprinos, sistemas extensivos y en la evaluación de bienestar positivo, así como en la validación de tecnologías emergentes en países en desarrollo. En el caso de México y Latinoamérica, la literatura disponible es aún limitada, lo que resalta la necesidad de generar evidencia científica propia que permita adaptar protocolos internacionales, fortalecer la normatividad nacional y mejorar la percepción del consumidor. Se concluye que el médico veterinario zootecnista desempeña un papel central como agente de cambio, integrando el bienestar animal en la producción pecuaria de manera ética, responsable y sostenible, en concordancia con los Objetivos de Desarrollo Sostenible.