El cambio de uso de suelo como resultado de las actividades humanas ha provocado una alta disminución de la cobertura vegetal. Esto ha afectado considerablemente a las comunidades de anfibios y reptiles. En el presente trabajo se analizó y comparó la riqueza y diversidad de especies de la herpetofauna en las zonas conservadas y perturbadas del bosque mesófilo de montaña y del bosque tropical perennifolio en el municipio de Tepehuacán de Guerrero, Hidalgo, México. En éste se realizó de marzo del 2011 a noviembre del 2012; en este periodo se realizaron 12 visitas a la zona de muestreo. Cada visita tuvo una duración de tres días por muestreo. La herpetofauna del municipio se compone de 84 especies (63 de campo y 21 de literatura) de las cuales 27 son de anfibios y 57 reptiles, integradas en 57 géneros y 24 familias. Se reportan cuatro nuevos registros de especies (tres de serpientes y un caudado) y un nuevo género de colúbridos para el estado de Hidalgo. Los ambientes con mayor diversidad de especies de anfibios fueron el bosque mesófilo de montaña perturbado (BMMp) y el bosque tropical perennifolio conservado (BTPc), mientras que los menos diversos fueron el BMMc y el BTPp. Para los reptiles, los ambientes más diversos fueron el BTPc y el BMMc, teniendo una menor diversidad el BTPp y el BMMp. El par de comunidades vegetales que presentaron más similitud en anfibios fueron el BMMc-BMMp y el BTPc-BTPp con una similitud de más del 0.4, mientras que para los reptiles la similitud se mantuvo por debajo de 0.3. La perturbación en diferentes tipos de vegetación afecta de formas diferentes a anfibios y reptiles. Los anfibios se ven más afectados en los ambientes donde la desecación y la temperatura son mayores, mientras que la diversidad de reptiles se ven afectada cuando se perturba la vegetación original ya sea en el bosque mesófilo o en el bosque tropical.