El objetivo del presente estudio fue determinar la actividad anti-Eimeria de Bougainvillea glabra, Syzygium aromaticum y Lippia graveolens en Oryctolagus cuniculus, mediante estudios in vitro e in vivo, para proponerlos como tratamientos alternativos, en unidades de producción cunícola (UPC) del Valle del Mezquital, Hidalgo. Se colectaron heces en 10 UPC de 320 conejos (edad 30 a 60 d). La identificación de especies de Eimeria, se realizó por medición y comparación morfológica y por biología molecular. Los oquistes por gramo de heces (OPG) se cuantificaron por McMaster. El extracto hidroalcohólico de Bougainvillea glabra (EHBg), fue obtenido por maceración hidroalcohólica y dos aceites esenciales de Syzygium aromaticum (AESa) y Lippia graveolens (AELg) por arrastre de vapor. In vitro, se evaluó la ihibición de la esporulación de ooquistes del EHBg a concentraciones de 200 a 1.56 mg/mL, mientras que los AESa y AELg del 50 al 0.39%. Se realizaron pruebas in vitro de citotoxicidad indirecta y con Artemia salina del extracto y ambos aceites. Para la prueba in vivo se utilizaron 60 conejos (NZB X CAL) manejados de acuerdo con lo establecido en la NOM-062-ZOO-1999, con agua y alimento a libre acceso, los cuales se asignaron al azar a cinco tratamientos de 12 conejos, T1 (agua), T2 (sulfas 100 mg/kg de PV), T3, 4 y 5 con AESa (1.56, 3.12 y 6.25 del AESa, respectivamente, los cuales fueron muestreados los días 0,7,14 y 28 para determinar la cantidad de OPG, ganancia diaria de peso (GDP) y conversión alimenticia (CA). En las 10 UPC se identificaron morfometricamente 10 especies de Eimeria, siendo la más frecuente E. stiedae (8 UPC). Por reaccion en cadena de la polimerasa se identificaron ocho especies: E. stiedae fue la más común al identificarse en 16 muestras. Los OPG fueron superiores a la media en las UPC 9 (241450 ± 33) y 8 (56817 ± 39), solo en la UPC 10 los OPG (25433 ± 27), se encontraron dentro de los límites de decisión. En condiciones in vitro, desde 50 a 12.5% el AESa mostró el 100% de inhibición de la esporulación a las 72 y 96 h (50 y 25%). Respecto a la lisis de ooquistes, el AESa mostró mejores efectos a las 96 horas desde el 50 al 0.39%, con porcentajes de lisis del 96 al 72%. El EHBg y los dos porcentajes más bajos del AESa y AELg (12.5 y 6.25%) no presentaron citotoxicidad en los dos modelos utilizados. En el ensayo in vivo, el AESa (6.25%) permitó la reducción de los OPG de Eimeria spp. en un 92.6, 98.9 y 99.5% a los 7, 14 y 28 días, presentando mejor efecto que las sulfas los días 14 y 28. Referente a los parámetros productivos, solo la CA, se vio mejorada con los tratamientos T2, T3, T4 y T5 (3.01, 3.14, 3.07 y 3.06, respectivamente). Considerando los resultados obtenidos en el presente trabajo se concluye que el AESa es una alternativa natural para el control de la coccidiosis en conejos, ya que inhibe la esporulación, provoca la lisis de ooquistes in vitro y reduce la cantidad de OPG in vivo, mejorando la CA.