El estudio evaluó la eficacia de Bacillus spp. y Paecilomyces sp. en el control del nemátodo agallador (Meloidogyne incognita) en chile (Capsicum annuum L.) tipo criollo bajo agricultura protegida en Morelos, México. Se probaron cuatro dosis de Bacillus methylotrophicus (500–2000 mL·ha⁻¹) y una mezcla de Paecilomyces lilacinus + Bacillus firmus (4 kg·ha⁻¹) frente a un testigo sin aplicación, en un diseño de bloques completamente al azar con cuatro repeticiones. Se realizaron cuatro aplicaciones mediante riego localizado y se evaluaron a los 30, 60, 90 y 120 días después del trasplante (DDT). Los tratamientos redujeron significativamente la densidad de juveniles en el suelo y el índice de agallamiento radicular, con eficacias de 28 a 70 %, siendo T3 (B. methylotrophicus, 1.5 L·ha⁻¹) y T5 (P. lilacinus + B. firmus, 4 kg·ha⁻¹) los más efectivos. No se observaron efectos fitotóxicos y el rendimiento del cultivo aumentó en más del 23 %, sin afectar la calidad de los frutos. Estos resultados respaldan el uso de biocontroladores nativos como alternativa sostenible para reducir nematicidas químicos y mejorar la productividad en sistemas de manejo agroecológico.