Actualmente, la especie de lagartija Sceloporus grammicus se considera un complejo conformado por siete razas cromosómicas, las cuales tienen una amplia distribución geográfica y ecológica en norteamérica. En el Estado de Hidalgo se encuentran seis de los siete citotipos y, aunque se han reportado diversos análisis citológicos, geográficos y ecológicos para Sceloporus grammicus, no se cuenta con información referente al efecto del ambiente sobre la estructura y diversidad genética en poblaciones de un mismo citotipo, por lo que en este trabajo se analizan las relaciones microevolutivas del citotipo FM2 para dos poblaciones que habitan en ambientes diferentes en Hidalgo: bosque de pino-encino (La Estanzuela) y matorral xerófilo (Tilcuautla). Se caracterizó al citotipo mediante un cariotipo no invasivo (cultivo de sangre), utilizando una muestra de 43 individuos adultos en ambas localidades, de los cuales sólo se obtuvo la cola para cultivar la sangre y extraer el DNA. Se utilizaron, además, cinco microsatélites nucleares reportados previamente, tanto para S. grammicus como para una especie relacionada (S. jarrovi), que se amplificaron in vitro mediante la reacción de polimerización en cadena (PCR) del DNA; se separaron mediante electroforesis vertical de poliacrilamida en condiciones desnaturalizantes de urea y se visualizaron con nitrato de plata. Los datos genéticos se procesaron con programas informáticos de genética poblacional (Arlequin, TFPGA, Fstat, STRUCTURE). Se estandarizó una técnica para determinar el cariotipo que no precisa el sacrificio de los organismos (no invasiva), se encontraron además alelos de microsatélites específicos para, al menos, una de las poblaciones analizadas; así como patrones específicos de frecuencias alélicas en cada sitio, probablemente como resultado de un efecto diferencial del ambiente a nivel genético en dichos organismos.