El hongo Monographella maydis es un agente asociado al complejo de la mancha de asfalto en maíz, una enfermedad que afecta significativamente la productividad del cultivo. En este trabajo se realizó el aislamiento del hongo a partir de muestras infectadas y la posterior extracción de ADN genómico, el cual fue secuenciado mediante la plataforma PacBio Sequel II. El genoma obtenido fue ensamblado de novo utilizando Canu, y la calidad del ensamblaje se evaluó con QUAST y BUSCO, mostrando una alta continuidad. La anotación estructural y funcional se llevó a cabo con el pipeline Funannotate, integrando bases de datos como Pfam, CAZy, MEROPS, UniProt, y EggNOG-mapper para la asignación de funciones y ortología. Además, se identificaron clusters biosintéticos mediante antiSMASH, y se reconstruyeron rutas metabólicas con KEGG Mapper. Finalmente, se realizaron análisis filogenómicos y pangenómicos con especies relacionadas del género Microdochium y Phyllachora, lo que permitió establecer las relaciones evolutivas y genéticas de M. maydis. Este estudio constituye la primera caracterización genómica integral de esta especie, proporcionando una base para futuras investigaciones sobre su biología, patogenicidad y potencial metabólico.