Los ensilados no convencionales, como Agave salmiana, pueden ser alimentos alternativos para el ganado, pero su seguridad y calidad dependen de la comprensión del microbioma y la presencia viral. Los bacteriófagos pueden influir en la población de bacterias de ácido láctico responsables de la fermentación. Además, dependiendo de los materiales utilizados, el ensilado puede contaminarse y albergar virus patógenos que representan riesgos para la salud del ganado. Este estudio analiza las secuencias virales del ensilado de Agave durante la fermentación utilizando técnicas metagenómicas. Las etapas iniciales de la fermentación mostraron una alta diversidad viral debido a la contaminación, pero la riqueza viral disminuyó con el tiempo. Cabe destacar que los fagos de Lactobacillus se mantuvieron constantes, mientras que algunos patógenos potenciales se eliminaron después de 288 horas de fermentación. Esto sugiere que después de 288 horas, el ensilado se vuelve más seguro para el ganado. Sin embargo, el monitoreo de la dinámica viral es crucial para garantizar la seguridad y la calidad de los ensilados no convencionales utilizados como alimento para animales.