La indigoidina es un pigmento de interés biotecnológico cuya producción puede potenciarse mediante la manipulación de los factores de hibernación ribosomal (RHF), un proceso que regula la actividad traduccional al inactivar los ribosomas bajo condiciones de estrés. En este trabajo se evaluó la eliminación de los genes que codifican para factores de hibernación ribosomal: raiA, rmf y hpf en Escherichia coli para incrementar la capacidad traduccional y favorecer la síntesis del pigmento. La eliminación de estos genes no comprometió la viabilidad celular en ninguno de los medios evaluados. La cepa ΔraiA fue la que obtuvo la mayor producción de indigoidina, con un incremento de la producción del 158 % respecto a la silvestre, atribuibles a la mayor proporción de ribosomas activos y al ahorro proteómico asociado. En contraste, Δhpf presentó los peores resultados, sugiriendo que su eliminación afecta negativamente la homeostasis ribosomal, posiblemente por efectos polares en genes adyacentes. La doble mutante ΔraiAΔrmf no superó en producción a las mutantes individuales, pese a que se esperaba lo contrario al prever una mayor actividad ribosomal, lo que indica que la hibernación, aunque limita la traducción, cumple un papel protector esencial frente al estrés. El análisis temporal reveló que la producción máxima varió según el medio: en glucosa y glucosa suplementada con cas-aminoácidos, la acumulación de indigoidina disminuyó a las 24 h, mientras que en galactosa y glicerol se observaron incrementos tardíos asociados a una cinética metabólica más lenta. Además, la caracterización de los promotores de raiA y rmf evidenció que su actividad depende de la fuente de carbono, siendo el promotor de raiA el de mayor intensidad, lo que concuerda con la sobreproducción observada en la cepa ΔraiA. En conjunto, estos resultados demuestran que la manipulación del sistema de hibernación ribosomal constituye una estrategia efectiva para mejorar la producción de indigoidina, al tiempo que aporta una visión más profunda del papel fisiológico de los RHF como reguladores de la traducción y guardianes de la integridad ribosomal bajo condiciones adversas.