El jitomate (Solanum lycopersicum) es una hortaliza de gran valor nutricional y económico, cuya producción se ve afectada por enfermedades causadas por hongos fitopatógenos del género Fusarium. El uso de pesticidas químicos ha sido una solución común, aunque sus efectos nocivos sobre la salud humana y el ambiente han motivado la búsqueda de alternativas sostenibles, como el control biológico. Este estudio tuvo como objetivo aislar bacterias de la microbiota de suelo agrícola y de vegetales, identificar su capacidad antifúngica frente a Fusarium spp. y explorar los mecanismos implicados en su acción. Se aislaron 103 cepas bacterianas mediante la técnica de extensión por superficie. Se evaluó su actividad antifúngica in vitro contra F. oxysporum, F. brachygibbosum y Fusarium sp. (HPJ), mediante ensayos de crecimiento dual en medio de cultivo. Dieciséis cepas inhibieron significativamente a F. oxysporum, doce a F. brachygibbosum, y diecisiete a Fusarium sp... Las cepas más prometedoras (B102, B103, B90 y B92) se evaluaron en plantas de jitomate en diferentes etapas (hojas, germinación y plántulas), tanto de forma individual como en consorcio. Se analizó también la producción de metabolitos antifúngicos, como enzimas líticas y sideróforos, y se determinó la capacidad de inhibición de la germinación de esporas. Las cepas B102 (Bacillus velezensis) y B103 (Enterobacter sp.) destacaron por su actividad antagonista, reduciendo el daño en plantas a 44.4% frente al 88.8% observado en el control. La cepa B90 fue especialmente eficaz contra Fusarium sp. (HPJ). La combinación B102-B103 mostró un efecto sinérgico, disminuyendo significativamente la germinación de esporas. En pruebas con plántulas, B102 logró una supervivencia del 62% frente a F. oxysporum y 83% frente a F. brachygibbosum. Estos resultados respaldan el uso potencial de cepas bacterianas nativas como agentes de control biológico, representando una alternativa ecológica frente al uso de fungicidas sintéticos. Se recomienda continuar con estudios de campo para validar su eficacia en condiciones reales de cultivo.