Los marcadores moleculares se han convertido en una herramienta importante para la identificación de las especies y dentro de ellos los códigos de barras genéticos han sido definidos como secuencias cortas de DNA estandarizadas para la identificación rápida de los organismos. Dichas secuencias se han usado para identificar especies bien definidas, sin embargo, en el presente estudio se pretende utilizar la secuencias del gen mitocondrial que codifica para la subunidad I de la citocromo c oxidasa (empleada como código de barras genético para el grupo de los animales), de individuos pertenecientes a los 10 taxones del complejo Aspidoscelis gularis propuestos por García (2012), con la finalidad de probar si la secuencia del COI permite la identificación de esos taxones empleando los métodos de distancia genética. Para ello se obtuvieron 52 secuencias de los distintos taxones y se calcularon las distancias genéticas pareadas. Los análisis de las distancias genéticas mostraron que, bajo la utilización de un umbral arbitrario para identificar especies, no es posible distinguir los taxones que propuso García (2012). Sin embargo, cuando se emplearon análisis filogenéticos y se reconocieron 7 especies mediante el modelo GMYC, fue posible establecer un umbral de diferenciación genética propio del complejo, que permite identificar claramente a esos 7 taxones, los cuales además, presentan una distribución geográfica bien definida.