Estudios realizados sobre la evaluación de la calidad ambiental dentro de la Reserva de la Biosfera Barranca de Metztitlán, indican que el agua está contaminada por metales pesados con valores que sobrepasan lo permitido por la Norma Oficial Mexicana. Por su alta persistencia en el entorno y al ser bioacumulados por los seres vivos, dichos metales afectan las cadenas tróficas.