La búsqueda de nuevos fármacos para los tratamientos contra el cáncer ha cobrado una relevancia creciente debido a la alta resistencia observada en terapias convencionales como la quimioterapia. Esta resistencia ha impulsado el interés de la búsqueda de nuevos compuestos con actividad anticancerígena, tal como los compuestos derivados de cinamilos y quinoxalinas, los cuales se presentan como candidatos prometedores debido a su actividad biológica sobre células de cáncer de páncreas y como posibles inhibidores de proteínas antiapoptóticas Bcl-2, las cuales juegan un papel crucial en la resistencia a tratamientos y supervivencia de células tumorales. El cáncer de páncreas, es uno de los tipos de cáncer con una tasa de mortalidad muy elevada debido a su tardía detección y sus bajas promesas terapeúticas. En el presente trabajo, se realizó un estudio teórico de la reactividad química de los derivados de cinamilos y quinoxalinas empleando la Teoría Funcional de la Densidad (DFT). Los siete compuestos presentados en este trabajo se optimizaron empleando diferentes funcionales (ωB97XD, B3LYP, PBE y M06) y el mismo conjunto orbital base 6-31+G*. La reactividad química de los compuestos se evaluó mediante diversas propiedades electrónicas, tales como descriptores de reactividad globales, locales y dependientes de la temperatura. Los compuestos fungieron como ligantes para el acoplamiento molecular en proteínas antiapoptóticas de la familia Bcl-2, tales como Bcl-2 y Bcl-xl. Se evalúo los resultados del acoplamiento molecular mediante simulaciones de dinámica molecular empleando el software NAMD v.2.14 utilizando el campo de fuerza de CHARMM36. Se evaluó la estabilidad de los complejos proteína-ligando mediante la desviación de la raíz cuadrada media (RMSD), la distancia del centro de masa (distCOM) y la raíz media cuadrática de fluctuación (RMSF). Finalmente, se analizó la naturaleza de las interacciones presentes en modelos de complejos reducidos proteína-ligando aplicando la Teoría Cuántica de Átomos en Moléculas (QTAIM). El análisis teórico de la reactividad química y su interacción con proteínas Bcl-2 mediante el modelado molecular, proporcionará un enfoque sólido para el diseño de fármacos asistidos por computadora.