Introducción: En el paciente oncológico el inmunocompromiso secundario, el tipo de cáncer, la desnutrición y sobretodo el grado de neutropenia predisponen a múltiples infecciones entre las que destacan aquellas de origen gastrointestinal, éstos cuadros diarreicos pueden ser de evolución muy insidiosa, prolongada y las complicaciones son muy frecuentes aumentando los días estancia intrahospitalaria y costos de hospitalización. Material y métodos: Estudio observacional, transversal, descriptivo y retrospectivo. Resultados: Se realizó la selección de 76 pacientes oncológicos pediátricos con coprocultivo solicitado y diagnóstico clínico de gastroenteritis en el periodo comprendido entre marzo de 2016 y marzo del 2018 con el objeto de identificar los principales agentes causales. Discusión: En el 84% de los coprocultivos se aisló flora bacteriana habitual entre la cual destaca E. coli y otros gramnegativos, no se lograron identificar casos de Salmonella, Shigella o Campylobacter los cuales consideran los principales agentes patógenos en países de primer mundo cuya literatura empleamos para protocolo diagnóstico y terapéutica, Conclusiones: Ante la falta de estudios nacionales que identifiquen los principales agentes asociados a gastroenteritis infecciosas y que consideren factores de riesgo del huésped así como las condiciones de saneamiento presentes en nuestro país se propone con éste trabajo la necesidad de la creación de guías propias de diagnóstico.