Los monogéneos del género Protomicrocotyle son parásitos que se encuentran en los arcos branquiales (entre los filamentos del arco) de peces marinos de la familia Carangidae. Se caracterizan por tener un haptor asimétrico con cuatro clamps en fila longitudinal en un solo lado del haptor, los clamps son del tipo gastrocotilido por presentar una esclerita accesoria. El apéndice larvario es elongado en posición transversal y se encuentra armado con dos o tres pares de ganchos, los laterales son mayor tamaño. El órgano copulador masculino puede formar un bulbo muscular provisto de una corona de espinas. El poro genital está en posición ventral al esófago. El ovario se localiza en la mitad anterior o posterior del cuerpo. Los huevos tienen un filamento polar en cada polo, y puede presentarse de uno a tres en el útero. El vestíbulo vaginal abre en la región ventral, hacia la parte posterior derecha o izquierda del poro genital, se puede encontrar armada con numerosas espinas. Actualmente, el género Protomicrocotyle está representado por 10 especies a nivel global. En México, se han registrado cuatro especies, Protomicrocotyle manteri y P. nayaritensis en el océano Pacífico, y P. mirabilis y P. veracruzensis en el Golfo de México. Sin embargo, la distribución y presencia de P. manteri en el Golfo de México podría ser un error de identificación taxonómica, mientras que la amplia distribución de P. mirabilis podría estar sujeta a discusión. Con base en la distribución potencial de sus hospederos definitivos y en las diferentes condiciones ambientales presentes en su área de distribución, las provincias biogeográficas y ecorregiones marinas, así como el comportamiento de los hospederos se podría esperar, que los ejemplares de P. mirabilis registrados en la costa del Golfo de México y Mar Caribe correspondan a un conjunto de especies aún no descritas taxonómicamente. Por esto, el objetivo del presente trabajo fue evaluar la variación morfológica y molecular de las especies de Protomicrocotyle en diferentes localidades costeras del Golfo de México. Como parte de este trabajo, se analizaron especímenes de la Colección Nacional de Helmintos (CNHE) del Instituto de Biología de la Universidad Nacional Autónoma de México, de la Colección de Helmintos (CHE) del Centro de Investigaciones Biológicas de la Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo, de Harold W. Manter Laboratory of Parasitology Collection (HWML) University of Nebraska–Lincoln, y especímenes recolectados en las localidades de Casitas, Veracruz; Ciudad del Carmen, Campeche; Puerto de Veracruz, Veracruz; Tampico, Tamaulipas; Tecolutla y Tuxpan, Veracruz. Los especímenes recolectados en campo se guardaron en alcohol al 70% y absoluto para estudios morfológicos y moleculares, respectivamente. Los especímenes que se utilizaron para estudios morfológicos se tiñeron y montaron en preparaciones permanentes. Para los análisis morfológicos, los especímenes se midieron con un ocular micrométrico calibrado y adaptado a un microscopio óptico. Las medidas se capturaron en una matriz de datos y se analizaron con estadísticos multivariados. Para los estudios moleculares, de forma individual, cada espécimen fue procesado para realizar el procedimiento de digestión, extracción, amplificación y secuenciación del material genético. Todas las secuencias obtenidas con CO1, 28S y 18S se adjuntaron en una base de datos de cada gen con secuencias de otras especies de la familia Protomicrocotylidae y se analizó de forma independiente para la obtención de la matriz de divergencias genéticas y fenogramas de Neighbor-Joining. Para el análisis filogenético, se generaron matrices con los datos morfológicos, moleculares y combinados que se analizaron con el método de inferencia de Máxima Parsimonia. En total, 187 especímenes se analizaron con los análisis morfométricos y 91 variables morfológicas. Se muestran cinco nuevos morfotipos de Protomicrocotyle en los hospederos Caranx hippos, C. latus y Caranx sp., con distribución en el Golfo de México y Mar Caribe. En el análisis filogenético de evidencia total, se muestra a las especies de Protomicrocotyle de México como un grupo monofilético y a Neomicrocotyle pacifica como grupo hermano. La topología de la cladograma de evidencia total demuestra que Protomicrocotyle de México se divide en tres clados. Con el presente estudio, se contribuye al conocimiento de la diversidad de especies de este género de monogéneos y representa el primer estudio morfológico y filogenético de Protomicrocotyle en México.