En el presente trabajo se realizó la identificación y descripción de bioestructuras microscópicas en pirita sedimentaria de muestras de calizas de la Formación Agua Nueva colectadas en la localidad de Xilitla, S. L. P., centro de México. Las muestras de pirita fueron recubiertas de oro para después ser observadas mediante el SEM a diferentes magnificaciones. También se realizaron análisis de EDS para conocer la composición elemental de algunas estructuras de interés. Dentro de la pirita sedimentaria analizada se encontraron estructuras microscópicas que, de acuerdo a su origen, se dividieron en dos grupos: A) De origen orgánico (cocoides, bastones, esferas > 5µm, diatomeas, esporas, tubos y estructuras “teeth & sockets”) y, B) de origen inorgánico (cristales de pirita y framboides). Además, se encontraron esferas refractantes cuyo origen es desconocido. Los análisis EDS de estas estructuras muestran valores de C medios (entre 20.08%Wt y 39.76%Wt) a altos (78.94%Wt) en las estructuras biomórficas, mientras que en los cristales de pirita no asociados a estructuras biomórficas el C estuvo ausente. Esto muestra que el C está asociado a las bioestructuras lo que permite sugerir un origen biogénico de las mismas.