El síndrome metabólico (SMet) y la diabetes tipo 2 (DT2) son enfermedades complejas y mutilfactoriales, que actualmente representan un problema de salud pública en México. Estudios en distintas poblaciones han mostrado asociación de polimorfismos en el gen KCNQ1 con suceptibilidad a DT2 y componentes del SMettales como circunferencia de cintura elevada, hiperglucemia e hipertrigliceridemia. El gen KCNQ1 codifica para la formación de un canal de potasio dependiente de voltaje en las células β pancreáticas y se ha visto involucrado con fallas en la secreción de insulina. El objetivo de este trabajo fue determinar la asociación de 4 polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs, por su siglas en inglés) rs2237892, rs2237895, rs2237897 y rs231362 en el gen KCNQ1 con SMet, sus componentes y DT2 en población mexicana. Se estudiaron 1987 individuos amerindios y 855 individuos mestizos mexicanos. En todos los individuos se realizó la genotipificación por medio de discriminación alélica con sondas Taqman®. Las frecuencias alélicas, genotípicas y los estudios de asociación se determinaron con el programa PLINK, los mapas fueron construidos con el programa R y el análisis de haplotipos se realizó con Haploview. Todos los polimorfismos se encontraron en equilibrio de Hardy-Weinberg. El análisis de asociación se llevó a cabo mediante una regresión logística ajustada por género, edad e IMC y mostró que los alelos C de tres SNPs están asociados con riesgo para tener niveles elevados de glucosa y DT2 unicamente en amerindios: rs2237892 (OR=1.3, P=9.10E-05; OR=1.3, P=0.008, respectivamente), rs2237895 (OR=1.3, P=0.0006; OR=1.3, P=0.002, respectivamente) y rs2237897 (OR=1.4, P=1.20E-05; OR=1.4, P=6.10E-05, respectivamente).