Una parte importante de los ecosistemas acuáticos son los microorganismos que los componen. El fitoplancton se considera como el conjunto de todos los organismos suspendidos en la columna de agua; incluye a cianobacterias, clorofitas, criptofitas, diatomeas, dinoflagelados, entre otros. En particular, las cianobacterias son un grupo de organismos en los que se debe de poner especial atención debido a que son productores de toxinas. En este trabajo se monitorearon dos cuerpos de agua presentes en el estado de Hidalgo, la Presa La Estanzuela ubicada en el municipio de Mineral del Chico y la Central Hidroeléctrica Ing. Fernando Hiriart Balderrama en el municipio de Zimapán, con el objetivo de realizar un análisis de algunas variables fisicoquímicas y de clorofila a, así como de identificar los microorganismos de agua dulce en cada cuerpo de agua. En la presa La Estanzuela la concentración de nutrientes es correspondiente a cuerpos de agua oligotróficos y se encontraron valores altos de clorofila a, mayores a 100 μg/L. En la Central Hidroeléctrica Ing. Fernando Hiriart Balderrama también se encontraron valores altos de nutrientes, así como concentraciones altas de clorofila a, mayores a 100 μg/L, lo que indica un florecimiento algal. En ambos cuerpos de agua se constató la presencia de organismos productores de toxinas como es el caso de Microcystis, entre otras especies, con un total de 28 especies diferentes pertenecientes a cinco grupos taxonómicos diferentes. El grupo de mayor diversidad de especies fue el de las clorofitas y el grupo más abundante fue el de las cianobacterias, con mayor número de organismos en cada uno de los muestreos. Se obtuvo un conocimiento general acerca de la calidad del agua de ambas presas. La diversidad de organismos encontrados representa un potencial riesgo sanitario debido a que el agua es para consumo humano en el caso de presa La Estanzuela y para otras actividades productivas y recreativas en el caso de la Central Hidroeléctrica Ing. Fernando Hiriart Balderrama.