En este trabajo se evaluó el efecto del secado por aspersión sobre la bioactividad y el color de extractos (pulpa, cáscara y/o sus mezclas) de frutos de Opuntia spp. y sus mezclas. Las microcápsulas fueron obtenidas con una temperatura de entrada de 175 °C, usando goma de mezquite como material de pared. Se determinó que el secado por aspersión tuvo un efecto estadísticamente significativo (P≤0.05) sobre el contenido de Betalaínas totales, siendo las formulaciones ET,0:1 y EX,3:7 las que presentaron un contenido significativamente mayor (p ≤ 0.05). Los contenidos de fenoles totales, flavonoides, actividad antioxidante por ABTS y DPPH, así como el color, en las formulaciones ET,3:7 y EX,3:7 fueron influenciados por la presencia del material de pared en las microcápsulas. Los extractos de xoconostle fueron menos susceptibles a degradación mediante secado por aspersión comparados con los extractos de tuna. Mientas que las betalaínas pueden ser un buen indicador la degradación de los extractos microencapsulados con goma de mezquite.