En los bosques mesófilos de montaña de México, existen pocos sitios con microambientes adecuados para el desarrollo de una asociación vegetal particular, el bosque de haya, cuyo dosel es dominado por Fagus grandifolia subsp. mexicana; las poblaciones de esta especie se encuentran dispersas en parches menores de 140 ha en algunos estados del país, por lo que son altamente vulnerables a cambios climáticos y a la reducción de su hábitat. Hasta ahora, los estudios sobre variación genética de F.grandifolia subsp. mexicana se han realizado entre poblaciones cercanas geográficamente, pero no se han estudiado a lo largo de su área de distribución, dentro de la Sierra Madre Oriental de México. En el presente estudio se analizó la estructura genética de 5 poblaciones de esta especie, mediante seis marcadores moleculares SSR, desarrollados para F.. Los resultados obtenidos indican que la estructura poblacional está determinada por eventos de colonización sucesiva de norte a sur y eventos de reducción poblacional en los extremos de su distribución, que ha potenciado el efecto de la endogamia. La diversidad genética de la especie es alta al norte de su distribución y se reduce casi a la mitad en el resto de las localidades con distribución más sureña. Los datos obtenidos representan información básica que puede ser utilizada en el manejo y conservación de la especie y, por ende, de los bosques de haya que conforma, a corto o mediano plazo.