Introducción: Las anomalías congénitas estructurales o funcionales que ocurren durante la vida intrauterina, afectan entre el 3% y el 6% de los nacidos vivos en todo el mundo. Las malformaciones congénitas abdominales son siempre motivo de interés, más ahora que el estudio de la genética permite la explicación es este tipo de eventos, se han observado factores que se asocian al incremento de la morbilidad y mortalidad en este tipo de pacientes. Objetivo: Determinar los factores asociados a la morbilidad y mortalidad en neonatos post cirugía abdominal con malformaciones congénitas en el Hospital General de Pachuca del 2015 al 2020. Material y Métodos: Se realizó un estudio transversal, analítico y retrolectivo, se revisaron los expedientes clínicos de los recién nacidos que ingresaron al servicio de pediatría en el periodo de enero de 2015 a diciembre 2020. Resultados: se analizaron 91 expedientes de pacientes con defectos congénitos abdominales se encontró que el defecto de mayor prevalencia fue gastrosquisis 28 pacientes (31%), seguido de atresia intestinal 21( 23.1%), malformación anorrectal 19 (20.9%), onfalocele 10 (11%), atresia de esófago 7 (7.7%) y hernia diafragmática 6 (6.6%), la morbilidad se observó en 56 pacientes (62%)y las principales fueron sepsis, falla renal, neumotórax, neumonía asociada a los cuidados de la salud infección del sitio quirúrgico, dehiscencia de herida, la mortalidad observada fue en 15 pacientes ( 16.5%), los factores que se asociaron a mayor mortalidad fueron el Apgar y el peso del neonato, y los factores que se asociaron a mayor morbilidad fueron los días de inicio de la alimentación y los días de estancia intrahospitalaria (p ˂0.05). Conclusiones: Los defectos observados de mayor prevalencia fueron la gastrosquisis la atresia intestinal y la malformación anorrectal, los factores asociados a mayor mortalidad fue el Apgar y el peso del neonato, y los asociados a la morbilidad fue los días de inicio de la alimentación y los días de estancia hospitalaria.