En este trabajo se evaluó in vitro la capacidad inhibitoria de Lacticaseibacillus paracasei T40 y Enterococcus lactis cepas T33, T38 y T39 libres, en mezclas y encapsuladas y en combinación con inulina y fructooligosacáridos (FOS) contra Campylobacter jejuni y Helicobacter pylori los mejores resultados fueron evaluados in vivo. El efecto inhibitorio de las BAL contra los patógenos de estudio se realizó mediante la técnica de difusión en pozos, el encapsulamiento de las BAL se realizó empleando un secador por aspersión. Las microcápsulas fueron caracterizadas mediante la determinación del porcentaje de eficiencia de encapsulación, morfología (MEB), actividad de agua y humedad (%). También, se evaluó la viabilidad de las BAL encapsuladas con y sin prebiótico a condiciones controladas de almacenamiento por 30 días. Por otro lado, se evaluó la resistencia de las BAL encapsuladas con y sin prebióticos a pH similar al del estómago (pH 2 y 3) y al 0.3% de sales biliares concentración similar hallada en el intestino humano. Finalmente, las BAL encapsuladas con y sin prebiótico que presentaron el mejor efecto inhibitorio contra C. jejuni, y la mejor resistencia a las condiciones adversas del tracto gastrointestinal (TGI) fueron administradas durante 21 días a ratones BALB/c, que posteriormente fueron infectados con una dosis única de C. jejuni. Las cuatro BAL presentaron efecto inhibitorio in vitro contra C. jejuni y H. pylori, con zonas de inhibición de 6.92±0.20 mm a 20.67±1.89 mm. Su efecto de vio potencializado en presencia de inulina o FOS como prebióticos. Por otro lado, al exponer las BAL microencapsuladas a pH 2 por 3h, la cepa T39 con inulina más FOS fue quien mantuvo la mayor sobrevivencia (8 Log UFC/g) y a pH 3 la cepa T38 con inulina fue quien presentó la mejor concentración (7 Log UFC/g). Lo mismo ocurrió cuando se expusieron estas dos cepas a sales biliares. Las tres cepas microencapsuladas de E. lactis con y sin prebiótico mantuvieron la viabilidad de sus células superior a 8 Log UFC/g después de 30 días de almacenamiento a 7 °C con aw=0.32 y aw=0.75 y a 30 °C con una aw=0.32. Las cepas de E. lactis T33 con inulina, T38 con inulina y T39 presentaron el mejor efecto inhibitorio contra C. jejuni y resistieron las condiciones adversas de TGI in vitro. Por tanto, estas cepas microencapsuladas fueron administradas en ratones. Después del sacrificio se realizó el recuero de BAL y C. jejuni. Evidenciando la adherencia (~ 4 Log UFC/g) en los intestinos de los roedores de cada una de las cepas BAL administradas, lo que podría contrarrestar la infección causada por C. jejuni. Los roedores infectados con C. jejuni y previamente administrados con antibiótico (5 mg/K de oxitetraciclina) presentaron un recuento de ~ 4 Log UFC/g de este patógeno en intestinos. En contraste, los ratones infectados y administrados previamente con BAL no presentaron evidencia de C. jejuni en intestinos. Los resultados evidencian que la microencapsulación y los prebióticos protegen a las BAL cuando son expuestas a condiciones adversas del TGI en comparación con los tratamientos sin encapsular y sin prebiótico. Por otro lado, las cepas T33, T38, y T39 presentaron un alto potencial para ser empleadas con coadyuvante en el tratamiento contra C. jejuni. No obstante, es necesario realizar estudios en humanos.