En el presente trabajo se analiza la estructura genética de Xpuhil, Campeche, México, a partir de 88 individuos pertenecientes a esta población con base en cuatro haplogrupos encontrados en el DNA mitocondrial y que son característicos de poblaciones nativas americanas: A, B, C y D. La tipificación se llevó a cabo de acuerdo al protocolo propuesto por Walsh, et. al. 1991 y Baillet, et. al. 1994, que involucra amplificación de las regiones no codificantes donde se hayan las variantes que distinguen a los haplogrupos mencionados, seguida de una digestión enzimática por medio de las endonucleasas Hae III, Hae III, Alu I, Hinc II y Alu I. Las frecuencias obtenidas para estos marcadores fueron como se detalla a continuación: A 47 (0.53); B: 12 (0.14); C: 10 (0.11) y D: 9 (0.10) Una proporción de 0,2128 no pudo ser tipificada para ninguno de los marcadores mencionados. Se realizó la comparación de estos datos con 58 poblaciones nativas americanas de todo el continente por medio de análisis de componentes principales, discriminante, escalamiento multidimensional y de varianza molecular. Los resultados muestran que la población maya de Xpuhil tiene una composición genética acorde con su ubicación geográfica, que tiene una mayor afinidad a las poblaciones mayas de Chiapas que a las poblaciones mayas de Yucatán y que la diversidad del DNA mitocondrial en México sigue un patrón que consistente con el modelo de aislamiento por distancia.