La evaluación de la calidad del agua de la laguna de Zupitlán se ha realizado considerando diferentes aspectos de la laguna, por una parte, se considera su principal uso y por otra las características del fitoplancton, además del análisis de las posibles fuentes de contaminación basada en los factores de enriquecimiento de metales y en las concentraciones de materia orgánica y nitratos en los sedimentos. Para ello se realizaron diversos análisis fisicoquímicos a muestras de agua (en los meses de Marzo, Junio, Septiembre y Diciembre de 2008) y sedimentos (en Junio de 2008). La evaluación de los índices de salinidad y las concentraciones de metales pesados en el agua considerada como agua de riego, ha permitido establecer que la calidad es apropiada para este uso, salvo su baja salinidad y la presencia de cadmio en concentraciones superiores a las recomendadas para este fin. Cuando se considera la vida acuática, los análisis fisicoquímicos realizados a las muestras de agua, indican una contaminación inorgánica, con concentraciones de NH3, Cu, Ag, Cd y Pb que superan los valores límites recomendados para la sobrevivencia de peces. Algunos organismos presentes en el fitoplacton (pelágico y bentónico) como Nitzschia sp., Pseudo nitzschia sp., Stephanodiscus sp. y Eupodiscus sp. indican que la laguna de Zupitlán presenta contaminación con materia orgánica. De esta forma la vida acuática y en particular los peces sufren de dos tipos de contaminación que afectan su supervivencia, población y crecimiento.