La acuacultura proporciona productos cárnicos con alto valor nutricional y produce 173 millones de toneladas de alimentos en todo el mundo cada año. Sin embargo, la industria no está exenta a desafíos específicos, incluidos los relacionados con el monitoreo epidemiológico de las cargas parasitarias y el uso de agentes terapéuticos. En este contexto, se analizaron 134 muestras de tilapia y 11 muestras de agua recolectadas en 10 sitios de muestreo en el Estado de Hidalgo; se identificaron un total de 6910 parásitos con una prevalencia global de 57,46%; Trichodina spp. y Apiosoma spp. mostraron la abundancia (35 y 29) e intensidad (241 y 66) mayor, respectivamente. Las cargas parasitarias por protozoarios mostraron una correlación positiva con la concentración de CaCO3, mientras que las cargas parasitarias por monogeneos mostraron una correlación positiva con la presencia de NO2- y NH4+. Como estrategia de control, se caracterizaron 6 tratamientos de perlas obtenidas por gelificación iónica, elaboradas con diferentes concentraciones de alginato de sodio-gelatina, para el encapsulado de extracto de jamaica como marcador biológico; el tratamiento T2 (2.5% alginato y 1.5% gelatina) mostró el mejor balance de atributos; valores más altos de balance RAV (13.83 ± 2.52), circularidad (0.81 ± 0.05), flotabilidad (48 segundos) y una eficiencia de encapsulación del 95.47%. Esta formulación del material pared, se utilizó para el encapsulado de 2.5%, 5% y 10% de harina de ajo. La caracterización óptica por FT-IR en las mezclas poliméricas evidenció la presencia de grupos S=O (991.47 cm-1) y grupos S-S (707.45 cm-1) presentes en la alicina como molécula de interés. Cuando el porcentaje de ajo en polvo agregado fue mayor, las cápsulas mostraron mayor tendencia al color oscuro (64,78 ± 4,43 balance RAV) y acidez (pH 5,11), así como índice de hinchamiento menor (194,36%) y CRA (0,30 g H2O). La evaluación de antioxidantes mostró que el tratamiento con polvo de ajo al 10% tuvo el mejor efecto; FRAP y ABTS·+ fueron 40,19 µmol ET/g y 16,04 µmol ET/g, respectivamente. La cuantificación de azufre orgánico mostró una tasa de liberación in vitro de 24,64% (mgE del organoazufrado aliína). Finalmente las cápsulas fueron administradas a un modelo in vivo de tilapia, donde se registró hasta el 95.80 ± 1.69% de aceptación, y una probabilidad de sobrevivencia del 100% ante una ingesta de 0.1 y 0.2 g de cápsula, el análisis morfométrico de cápsulas recuperadas a nivel intestinal mostró la degradación de las mismas en el tracto digestivo de las tilapias, así mismo se logró una dosificación de hasta 23.85 ± 0.73 mgE de aliína en plasma sanguíneo, sin derivar desordenes hemáticos en los peces y con un efecto positivo que permitió erradicar hasta el 100% de prevalencias en parásitos como Trichodina spp.. En contraste se observó aumento de la proteína (21.0.2%) en la composición proximal de los filetes obtenidos al administrar harina de ajo encapsulado a los peces. Las cápsulas mostraron buenas propiedades técnicas como estrategia de administración oral en acuacultura. Por lo que otros estudios se sugieren para la evaluación de estos vehículos en la cadena de producción de cárnicos acuícolas.