Los microorganismos representan una opción viable para el control de hongos fitopatógenos. De la superficie de mangos y jitomates sanos se aislaron diferentes bacterias, a las cuales se les determino su actividad antimicrobiana frente a dos cepas fúngicas causantes de infección en mangos y jitomates y frente A. alternata, tanto en medio de cultivo como directamente en mangos y jitomates. Las cepas bacterianas con mayor actividad antifúngica se identificaron secuenciando el gen 16s rRNA. Se identificaron dos especies de Serratia: marcescens y nematodiphila, a las cuales se les determinó la actividad quitinolítica, glucanolítica, celulolítica y la producción de prodigiosina de bacterias con actividad antifúngica. Se aislaron cinco cepas fúngicas de mangos y jitomates. Dos cepas fueron las causantes de infección en mangos y jitomates. Estas cepas fúngicas se identificaron como C. siamense y F. brachygibbosum. Las cepas seleccionadas de Serratia mostraron actividad antifúngica contra C. siamense, A. alternata y F. brachygibbosum en ensayos in vitro y en mango y en jitomate. Finalmente, las cepas de Serratia produjeron quitinasas, glucanasas, celulasas y prodigiosina, además estas cepas no produjeron hemolisinas. Las tres cepas que se aislaron de Serratia en este estudio pueden usarse potencialmente en el control biológico de infecciones causadas por C. siamense, A. alternata y F. brachygibbosum en mango y en jitomate.