Magnolia mexicana es una especie endémica y amenazada del bosque tropical subcaducifolio, cuyas poblaciones se encuentran aisladas y reducidas a causa de la fragmentación de su hábitat, cambio de uso de suelo, explotación de frutos, flores y madera. En México se distribuye en la Sierra Madre Oriental, en los estados de Puebla y Veracruz. Con el objetivo de evaluar los niveles de variación morfológica y genética dentro y entre poblaciones, se realizó el muestreo de seis (análisis morfométrico) y siete (análisis genético) poblaciones de M. mexicana que se distribuyen en los estados de Puebla y Veracruz. Dentro de estos sitios se seleccionaron 48 árboles para la recolección y procesamiento de 480 hojas, 240 flores y 84 frutos en total, con la finalidad de evaluar 34 caracteres morfológicos. Adicionalmente, se recolectaron muestras de material foliar en fresco de cada individuo para la evaluación a nivel molecular. Las 64 muestras de material foliar recolectadas, fueron procesadas con el protocolo de Bromuro de Cetil-metilamonio (Doyle y Doyle, 1987), para la obtención de DNA, el cual fue congelado a -20°C para su posterior amplificación. Se emplearon 12 microsatélites SSR (Secuencias Simples Repetidas), que fueron desarrollados en distintos estudios para el análisis genético de especies de magnolias tropicales: MA39_159, MA39_182, MA39_185, MA39_236, MA39_342, MA39_348, MA40_282, MA41_076, MA41_373, MA42_028, MA42_231 y MA42_471. En el análisis de los datos morfológicos y moleculares obtenidos, se utilizó el programa STATISTICA (versión 7.0); y con los datos moleculares los programas GenAIEx (versión 6.3) y STRUCTURE (versión 2.3.4). La variación morfológica, de acuerdo al valor promedio del coeficiente de variación fue mayor en los frutos (12.72 %), valor similar al estimado para el total de los caracteres de la flor (13.94 %) y de la hoja: 14.07 %. Los primeros componentes principales explicaron 85 %, 69 % y 68 % de la variación foliar, floral y frutal, respectivamente; y las primeras dos funciones discriminantes 82 %, 66 % y 94 % de dicha variación. Los caracteres morfológicos con mayor variación fueron: diámetro del peciolo y vena media, número de estambres, ancho de carpelos, y largo y ancho de semillas. El rango de variación en las características morfológicas de M. mexicana fue más amplio que el documentado en la descripción original de la especie. Los resultados de la variación genética, mostraron que la heterocigosis media esperada fue de 0.463 y la riqueza alélica de 0.773. La diversidad genética fue baja comparada con la registrada en otras especies del género. El análisis de varianza molecular (AMOVA) indicó que el mayor porcentaje de varianza molecular fue entre individuos (72%) y entre poblaciones (24%). Los resultados de los análisis: Neighbor-Joining, agrupamiento bayesiano (obtenido con el programa STRUCTURE) y del diagrama de ordenación obtenido por medio del análisis de discriminante canónico indican que las poblaciones se pueden agrupar y ordenar en tres grupos genéticos. Se observaron efectos de cuello de botella recientes en la mayoría de las poblaciones naturales con excepción de la población de El Cajón. El análisis de Mantel indica que la correlación entre las distancias geográficas y genéticas no es significativa. Los resultados obtenidos muestran que la fragmentación del hábitat y la influencia del uso local desmedido de flores y frutos de M. mexicana, podrían estar relacionados con la variación alta morfológica y la perdida de variabilidad genética de la especie; por ello es urgente implementar medidas de protección y desarrollar programas de manejo y conservación a corto plazo, con urgencia.