La sobrevivencia de los probióticos a través del tracto gastrointestinal es uno de los mayores retos de la industria de los alimentos. Por lo tanto, es necesario protegerlos y una opción son los procesos de microencapsulación los cuales pueden incrementar su sobrevivencia. El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto protector de dos materiales pared, almidón nativo de malanga (5.16 μm) y de arroz (6.99 μm) en la sobrevivencia de Lactobacillus paracasei subsp. paracasei. La microencapsulación fue realizada mediante secado por aspersión con diferentes temperaturas de entrada, seleccionándose la de mayor eficiencia (70 °C). Posteriormente se analizaron las propiedades fisicoquímicas, la eficiencia de encapsulación y la viabilidad gastrointestinal de las microcápsulas; así como los cambios en la morfología mediante técnicas de microscopía electrónica y confocal.