México a nivel mundial es uno los principales productores de petróleo, lo cual ha permitido el desarrollo económico del país; sin embargo, no se han tomado las medidas pertinentes para su manejo adecuado, generando problemáticas principalmente ambientales. Esto ha conducido a la planeación y aplicación de métodos para mitigar el impacto ambiental, como son las tecnologías de biorremediación, donde el uso de bacterias hidrocarbonoclastas juega un papel importante. En este sentido, el uso de técnicas moleculares ha facilitado la identificación mediante el análisis de secuencias basadas en genes dianas para realizar asignación de especies.