En el Valle del Mezquital confluyen diversos elementos adversos, que durante décadas han caracterizado a esta región como un foco rojo en el aspecto ambiental, tanto a nivel estatal como nacional. Se han realizado numerosos estudios de aire, agua y suelo, debido a los graves problemas de contaminación que prevalecen en la región, principalmente por la irrigación de cultivos con aguas residuales del río Tula, provenientes de la Zona Metropolitana del Valle de México (ZMVM), desde hace más de un siglo y asimismo, por la presencia de numerosas empresas contaminantes en el corredor industrial Atitalaquia-Tula-Tepeji del Río.