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http://dgsa.uaeh.edu.mx:8080/handle/231104/7600| Título : | Predicción de actividad hidrolasa o transferasa en amilasas mediante modelos de lenguaje de proteínas. |
| Otros títulos : | Biotecnología. |
| Autor : | Valencia García, Odeth Giovanna |
| Palabras clave : | Amilasas Modelos de lenguaje de proteínas Aprendizaje profundo Biotecnología. |
| Fecha de publicación : | 4-nov-2025 |
| Editorial : | ICAp-BD-UAEH |
| Descripción : | Las enzimas de la familia GH13, tradicionalmente clasificadas como hidrolasas, también incluyen miembros con actividad transferasa. Esta dualidad funcional plantea un reto en la predicción de su especificidad catalítica a partir de la secuencia primaria. En este trabajo se emplean modelos de lenguaje de proteínas (PLMs), particularmente ESM Cambrian (ESMC), junto con herramientas estructurales como AlphaFold2 y FoldMason, para predecir si una amilasa actuara como hidrolasa o transferasa. Se construyó un conjunto de datos no redundante de proteínas caracterizadas, se alinearon sus secuencias y estructuras, y se identificaron posiciones diferenciadoras mediante análisis estadísticos robustos. Los embeddings generados por ESMC fueron analizados mediante técnicas de reducción de dimensionalidad y clustering, revelando capas específicas del modelo capaces de separar las funciones enzimáticas. Asimismo, se identificaron residuos clave, tanto a nivel de secuencia como estructural, que podrían determinar la especificidad funcional. Este enfoque demuestra el potencial de los modelos de lenguaje y el análisis bioinformático integrado para predecir funciones enzimáticas con aplicaciones biotecnológicas y de diseño racional de proteínas. |
| Documento del Gobiberno : | IBIO TEC .16811 2025 |
| URI : | http://dgsa.uaeh.edu.mx:8080/bibliotecadigital/handle/231104/7600 |
| Aparece en las colecciones: | Tesis de Licenciatura |
Ficheros en este ítem:
| Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
|---|---|---|---|---|
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