La enfermedad de Lyme es una infección bacteriana multisistémica causada por la Borreliella burgdorferi y transmitida por garrapatas del género Ixodes. Afecta principalmente a los sistemas nervioso, cardiaco, tegumentario y articular, con variaciones clínicas según la genoespecie involucrada y la predisposición del huésped. A pesar de su amplia caracterización en Europa y Estados Unidos, en México la información sobre su prevalencia y presentación clínica sigue siendo limitada. Este estudio -comparativo tuvo como objetivo caracterizar clínica y epidemiológicamente a pacientes con enfermedad de Lyme adquirida en México. Se evaluaron pacientes reclutados entre 2017 y 2024 en cinco instituciones de salud públicas y privadas, cuyas muestras se procesaron en el laboratorio Lyme Hope México. La selección se basó en los criterios diagnósticos de los CDC (ELISA IgM e IgG, y confirmación por Western Blot). Se aplicó un cuestionario detallado para recabar datos clínico-epidemiológicos y los resultados se analizaron mediante x² y prueba exacta de Fisher. En los casos confirmados, se amplificaron los genes 16S rRNA, ospC y fla, y se secuenciaron productos de PCR de cinco pacientes seleccionados al azar. De 1,674 muestras analizadas, el 40.1% (n = 671) resultó positivo en la prueba de tamizaje y confirmatoria. En la cohorte seropositiva predominó el sexo femenino (73.38%) y el grupo etario de 21 a 40 años (48.92%). En el ámbito epidemiológico, el 20.7% refirió antecedentes de viaje a zonas boscosas o granjas, el 17.5% contacto con animales y solo el 19.4% recordaba la mordedura de garrapata. Las manifestaciones clínicas con asociación estadísticamente significativa fueron: agresividad/pánico (OR: 5.66), tendinitis (OR: 4.82), mialgias (OR: 4.19), artralgias (OR: 3.42) e hiposensibilidad (OR: 3.31). El análisis molecular reveló una notable heterogeneidad de especies, con alta homología con Borreliella sensu stricto, B. californiensis, B. valaisiana, Borrelia miyamotoi y B. ibipiquensis. Se confirma la presencia de la enfermedad de Lyme en México con una seroprevalencia considerable en la población estudiada, caracterizada por un predominio en mujeres jóvenes y un cuadro clínico predominantemente neuropsiquiátrico y músculo-esquelético. La baja frecuencia de mordedura de garrapata recordada resalta la importancia del diagnóstico por laboratorio. Asimismo, la diversidad de genoespecies identificadas sugiere un escenario epidemiológico complejo y multiespecie en el país, lo que subraya la necesidad de fortalecer la vigilancia epidemiológica y el diagnóstico molecular sistemático.