El uso inapropiado de agentes antifúngicos (AF) ha incrementado la resistencia fúngica; esto, sumado a la alta mortalidad y el desafío diagnóstico de las infecciones fúngicas invasivas (IFI), ha impulsado el empleo de AF costosos y de amplio espectro, favoreciendo la prescripción empírica y aumentando las resistencias, la estancia hospitalaria, los acontecimientos adversos y los costos sanitarios. Objetivo. Caracterizar la adecuación de la prescripción de AF mediante criterios farmacoterapéuticos para mejorar su uso racional en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias (INER). Metodología. Se realizó un estudio farmacoepidemiológico observacional y transversal en dos cohortes (2019 y 2022). Se elaboró una base de datos con las variables de estudio y se diseñó un instrumento para evaluar la prescripción de AF mediante un panel de expertos. Con éste se determinó la adecuación de las prescripciones y aplicando los criterios del cuestionario de Valerio y colaboradores. Se analizó la asociación entre adecuación, morbilidad farmacoterapéutica, mortalidad y días de estancia mediante regresión logística binaria multivariada. Resultados. El instrumento final incluyó cinco patógenos de interés y fue aprobado tras dos rondas de evaluación, alcanzando un consenso >60% entre ocho expertos. Más del 60% de las prescripciones fueron no adecuadas; entre 88% y 95% de los acontecimientos adversos fueron no prevenibles. En 2019, la adecuación, edad, sexo y días de estancia no mostraron impacto. En 2022, el APACHE II y la edad se asociaron con mayor mortalidad. Conclusiones. Se generó un instrumento basado en criterios farmacoterapéuticos que permitió identificar un predominio de prescripciones no adecuadas, lo que sustentará estrategias de mejora del PROA institucional.