Los murciélagos hematófagos Desmodus rotundus y Diphylla ecaudata son mamíferos cuya importancia radica principalmente en la producción pecuaria y la salud pública, considerando que Desmodus rotundus es el principal vector y transmisor del virus de la rabia, que afecta al hombre y a las especies ganaderas. El objetivo de este trabajo es realizar un estudio descriptivo y comparativo de la morfología del hipotálamo y la hipófisis de los murciélagos hematófagos Desmodus rotundus y Diphylla ecaudata para el diseño de un modelo tridimensional digital de estas estructuras. De este modo, se contribuirá al conocimiento de la morfología microscópica de Desmodus rotundus y Diphylla ecaudata, para así proporcionar información científica que pueda servir como antecedente para investigaciones posteriores encaminadas al entendimiento de la fisiología, biología y ecología de estas especies, con fines de control epidemiológico de las enfermedades que transmiten. Se obtuvieron muestras a partir de 10 sujetos de estudio (6 Desmodus rotundus y 4 Diphylla ecaudata) que se capturaron en los municipios hidalguenses de Atotonilco el Grande, Tenango de Doria y Jacala de Ledezma. Los sujetos de estudio fueron eutanasiados conforme a la NOM-033-SAG/ZOO-2014, y sus cabezas se procesaron mediante técnicas histológicas que incluyeron fijación en formaldehído, descalcificación e inclusión en parafina para obtener cortes teñidos con H-E, azul luxol resistente o impregnados con el método de Holmes. Las muestras se analizaron mediante microscopía de campo claro y se digitalizaron con software ImagePro Express para validar la morfología, identificar y mapear núcleos hipotalámicos, medir áreas con ImageJ, y elaborar ilustraciones anatómicas en software Sketchbook, las cuales sirvieron para construir un modelo tridimensional en software Blender. Finalmente, los datos fueron sometidos a análisis estadístico utilizando software RStudio. Como resultados, se identificaron los núcleos hipotalámicos y las estructuras que constituyen a la hipófisis en los murciélagos hematófagos Desmodus rotundus y Diphylla ecaudata y se establecieron diferencias visuales en cuanto al tamaño de los núcleos hipotalámicos y morfología de la hipófisis entre ambas especies. Estadísticamente se obtuvo el coeficiente de variación en un análisis de datos, mostrando que los núcleos hipotalámicos son similares entre individuos de la misma especie.