Este estudio evaluó los efectos in vitro e in vivo dos extractos uno hidroalcohólico (HA) y uno acuoso (AQ) de Quercus crassifolia Bonpl. (roble mexicano), tradicionalmente usado para tratar la periodontitis. Objetivo: validar su bioseguridad y efectos en la inflamación clínica periodontal, antimicrobianos y antioxidantes. Métodos: la actividad antimicrobiana, fue evaluada con antibiogramas (halos de inhibición), se determinó la concentración mínima inhibitoria (CMI) frente a bacterias periodontales (Porphyromonas gingivalis, Aggregatibacter actinomycetemcomitans serotipo b, Fusobacterium nuc. nuc., Actinomyces israelii). La actividad antioxidante, se determinó mediante el ensayo de DPPH. Los ensayos fitoquímicos, identificaron saponinas, polifenoles y fitoesteroles en ambos extractos además de la ausencia de alcaloides. El ensayo clínico se llevó a cabo con 32 pacientes con periodontitis los cuales recibieron tratamiento no quirúrgico periodontal (raspado y alisado radicular), fueron divididos en dos grupos: uno usó enjuague de clorhexidina (CHX) al 0.12% (n=15) y otro, enjuague de Q. crassifolia Bonpl. (n=17) durante dos semanas cada 12 horas; se evaluaron parámetros como sangrado al sondeo (SS), nivel de inserción clínico (NIC), profundidad de bolsas (PB), placa dentobacteriana (PLA) y bolsas residuales. La genotoxicidad se analizó con el ensayo de micronúcleos. Resultados: efecto antioxidante, el extracto HA con concentración de 500 mg/mL mostró mayor actividad antioxidante (absorbancia: 0.357 ± 0.150 nm X ± DE) que el AQ (0.080 ± 0.013 150 nm X ± DE; (p < 0.05), aunque ambos fueron significativamente activos. Efecto antimicrobiano; el extracto HA presentó mayores halos de inhibición que el AQ, especialmente frente a A.a.b y F. nuc. nuc. (p < 0.05), aunque la CHX al 0.20% grado reactivo, fue más efectiva. La CMI del HA osciló entre 62.5–15.6 mg/mL. En el ensayo clínico, ambos grupos mostraron mejoría en SS, NIC, PB y PLA postratamiento, sin diferencias significativas entre CHX y el enjuague de roble (p > 0.05). En cuanto a la bioseguridad, no se determinó genotoxicidad en ninguno de XIV los grupos. Conclusiones: los extractos de Q. crassifolia, especialmente él HA, exhibieron propiedades antioxidantes y antimicrobianas importantes con respecto al AQ, aunque su efecto antimicrobiano fue menor que el de la CHX al 0.20% grado reactivo, el enjuague de roble demostró ser clínicamente similar al enjuague de CHX al 0.12% en cuanto a la reducción de la inflamación gingival, sin presentar efectos genotóxicos. Estos resultados sugieren que Q. crassifolia Bonpl. es una alternativa natural y segura, adyuvante para el tratamiento periodontal no quirúrgico, respaldando así el uso etnobotánico de la planta, sin embargo, se requieren más estudios para optimizar su eficacia.