El Trastorno del Espectro Autista (TEA) aparece a temprana edad y afecta actualmente a 1 de cada 100 niños a nivel mundial. Se ha relacionado entre otros factores con desequilibrio en la microbiota intestinal, asociándose a manifestaciones gastrointestinales y alteración de la conducta. La presente investigación tuvo como objetivo evaluar el efecto del uso de probióticos con lactobacilos (de administración oral) sobre las estereotipias motoras en niños de infancia temprana con autismo moderado y severo. Se desarrolló un estudio cuantitativo con diseño prexperimental de tipo N=1 con 3 participantes, planteado en 2 fases: 1. Evaluación clínica y conductual (pre), 2. Uso de probióticos y evaluación clínica y conductual (pos). Se desarrolló en el período de enero-diciembre 2024. Las variables investigadas fueron: uso de probióticos y conducta (estereotipias motoras). La recogida de datos se realizó mediante entrevistas semiestructuradas, Instrumentos de diagnóstico del trastorno (CRIDI-TEA y VEANME), análisis microbiológico y molecular de heces fecales, e inspección visual de conducta por videograbaciones. Los resultados mostraron que fue estadísticamente significativa la disminución de las estereotipias motoras en la muestra y se percibió menor frecuencia de conductas disruptivas, mejor comunicación, socialización y flexibilidad, con modificación de la microbiota intestinal. Conclusión: el uso de probióticos con lactobacilos es seguro y puede disminuir las estereotipias motoras en niños en infancia temprana, con autismo moderado y severo. Se obtuvo además mejoría en el funcionamiento adaptativo y un 20 % menos de bacterias productoras de neurotoxinas y neuroinflamación (desulfovibrios y clostridium) en los estudios moleculares de la investigación.