Desde su aparición a finales de 2019, el SARS-CoV-2 se ha esparcido a todo el mundo. La Organización Mundial de la Salud (OMS) declaró una pandemia por el virus el 11 de marzo del 2020 que concluyó el 5 de mayo de 2023. El virus ha tenido una infinidad de mutaciones a través del tiempo, modificando su comportamiento dentro de distintas poblaciones y dificultando el desarrollo de sistemas de diagnóstico, vacunas y tratamientos. Dichas mutaciones generan variantes del SARS-CoV-2 que se clasifican como variantes de interés y de preocupación para la salud pública. Este trabajo es un estudio observacional del tipo transversal, que busca describir la epidemiología y la genómica del SARS-CoV-2 en el estado de Hidalgo, México. Se describió la pandemia de COVID-19 en el estado de Hidalgo en base a la información publicada por la Dirección General de Epidemiología (DGE) desde 2020 hasta 2023, considerando las variables de sexo, edad, municipio (agrupados en 12 regiones operativas), sintomatologías y comorbilidades, realizando pruebas de asociación entre éstas y la clasificación de los casos (positivo y negativo), mismos que se representan en una curva epidémica. Se construyeron árboles filogenómicos con las secuencias reportadas en el estado, publicadas en GISAID (del inglés Global Initiative on Sharing All Influenza Data) por el Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos “Dr. Manuel Martínez Báez” (InDRE) y se estudió su distribución a través del tiempo. El comportamiento epidemiológico de la pandemia en el estado fue muy similar a la media nacional; más del 50% de los casos confirmados fueron mujeres, la mediana de edad fue de 39 años, la región de Pachuca de Soto fue la que reporta el mayor porcentaje de casos positivos, y el porcentaje de mortalidad en el estado fue de 6.5%, siendo este mayor al nacional. La distribución temporal de las variantes del virus SARS-CoV-2 demuestra su presencia en momentos tardíos o tempranos a su identificación inicial en el estado de Hidalgo. La combinación de ambos tipos de análisis permitió identificar el comportamiento del virus y sus distintas variantes en una población específica a través del tiempo. Este trabajo evidencia la necesidad de establecer una vigilancia permanente, mejorando los protocolos para la obtención de datos genómicos y captura de metadatos, con la finalidad de facilitar estudios posteriores y establecer medidas de prevención y control adecuadas.